Merge pull request #1 from pfizer-opensource/expand-ist

ist18-25

Author: jontaklee

README.md

@@ -1,5 +1,29 @@
 # Lyme-In-Silico-Typing-Tool (LISTT)
-a computational pipeline for typing the Borrelia OspA protein
+a computational pipeline for typing the *Borrelia* OspA protein
+
+LISTT assigns *in-silico* types based on sequence of the OspA protein. Illumina NGS reads of a *Borrelia* isolate or its genome sequence can be provided as input.
+25 *in-silico* types (ISTs) can currently be assigned, with ISTs 1-8 corresponding to the canonical OspA serotypes 1-8: 
+
+| Genospecies  | OspA *in-silico* type |
+| ------------- | ------------- |
+| *B. burgdorferi s.s.* | 1  |
+| *B. afzelii* | 2  |
+| *B. garinii* | 3, 5, 6, 7, 8, 11, 12 |
+| *B. bavariensis* | 4, 9, 10 |
+| *B. spielmanii* | 13|
+| *B. mayonii* | 14 |
+| *B. valaisiana* | 15, 25 |
+| *B. turdi* | 16, 24 |
+| *B. yangtzensis* | 17 |
+| *B. americana* | 18 |
+| *B. bissettiae* | 19 |
+| *B. carolinensis* | 20 |
+| *B. finlandensis* | 21 |
+| *B. japonica* | 22 |
+| *B. lusitaniae* | 23 |
+
+
+The full method for IST assignment is described in the publication: [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38787376/](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38787376/)
 
 ## Installation
 Clone the repository and enter the directory:

variants/ospA_protein.fas

@@ -459,4 +459,250 @@ MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
 LELKGTSDKNNGSGTLEGEKTDKSKAKLTISDDLSKTTFEVFKEDGKTLVSRKVNSKDKS
 STEEKFNAKGELSEKVVTRANGNRLEYTEMKSDGSGKAKEVLKDFALEGTLTADGKTTLT
 IQEGTVTLKKEIEKAGTVKLFLDDTSSGSTKKTAVWSDTSNTLTVSADSKKIKDFVFLTD
-GTITVQNYDTAGTKLAGTATEIKDLAALKTALK
+GTITVQNYDTAGTKLAGTATEIKDLAALKTALK
+>ospA_protein_78
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSASVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+VELKGTSDKNNGSGMLEGVKDDKSKVKLTISDDLSKTTLETFKEDGKTLVSRKVNSKDKS
+STVEKFNEKGELSEKTITRENGTRLEYTEIKSDGTGKAKEVLKDFTLEGTLAADKTTLEV
+KDGTVTLSKHIPNSGEVTVEINDTSSTQATKKTGKWDAKTSTLTIVVDSKNKKNLVFTKQ
+DTITVQNYDSAGTSLEGTAVEIKTLDELKNALK
+>ospA_protein_79
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMTVLVSKEKDKDGKYSLEATVDK
+LELKGTSDKNNGSGTLEGEKTDKSKVKLTIADDLSQTKFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNEKGETSEKTIVRANGTRLEYTDIKSDGSGKAKEVLKDFTLEGTLAADGKTTLK
+VTEGTVVLSKNILKSGEITVALDDSDTTQATKKTGKWDSKTSTLTISVNSQKTKNLVFTK
+EDTITVKKYDSAGTNLEGKAVEITTLKELKDALK
+>ospA_protein_80
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVEK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGEKADKSKAKLTISQDLNQTTFEIFKEDGKTLVSRKVNSKDKS
+STEEKFNDKGKLSEKVVTRANGTRLEYTDIQDDGSGNAKEVLKGLTLEGTLTADGETKLT
+VKEGTVTLSKNISKSGEITVTLGDTDSSADKKTGEWKSDTSTLTIIKNSKKTKQFVFTKE
+DTITVQKYNTAGTALEGNPAEIKDLTELKTALK
+>ospA_protein_81
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMTVLVSKEKDKDGKYSLEATVDK
+LELKGTSDKNNGSGTLEGEKTDKSKVKLTIADDLSQTKFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNEKGETSEKTIVRANGTRLEYTDIKSDGSGKAKEVLKDFTLEGTLAADGKTTLK
+VTEGTVVLSKNILKSGEITVALDDSDTTQATKKTGKWDSKTSTLTISVNSKKTKNLVFTK
+EDTITVQKYDSAGTNLEGKAVEITTLKELKDALK
+>ospA_protein_82
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSASVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLVATVDK
+VELKGTSDKNNGSGTLKGVKDDKSKVKLTISDDLGETKLETFKEDGTLVSRKVNFKDKSF
+TEEKFNEKGEVSEKILTRSNGTTLEYSQMTDAENATKAVETLKNGIKLPGNLVGGKTTLK
+ITEGTVTLSKHIAKSGEVTVEINDTSSTPNTKKTGKWDARNSTLTIIVDSKNKTKLVFTK
+QDTITVQSYNPAGNKLEGTAVEIKTLQELKNALK
+>ospA_protein_83
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVEK
+IELKGTSDKSNGSGVLEGEKADKSKVKLTIADDLSQTKFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNEKGETSEKTIVRANGTRLEYTDIKSDGSGKAKEVLKDFTLEGTLAADGKTTLK
+VTEGTVVLSKNILKSGEITVALDDSDTTQATKKTGKWDSKTSTLTISVNSQKTKNLVFTK
+EDTITVQKYDSAGTNLEGKAVEITTLKELKDALK
+>ospA_protein_84
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVEK
+LELKGTSDKNNGSGTLEGEKTDKSKVKLTIAEDLSKTTFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNEKGEISEKTIVRANGTRLEYTDIKSDKTGKAKEVLKDFTLEGTLAADGKTTLK
+VTEGTVTLSKNISKSGEITVALDDTDSSGNKKSGTWDSGTSTLTISKNRQKTKQLVFTKE
+DTITVQNYDLAGTKLEGKAVEITTLKELKDALK
+>ospA_protein_85
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVEK
+LELKGTSDKNNGSGTLEGEKTDKSKVKLTIAEDLSKTTFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNEKGEISEKKITRSNNTTIEYTEMTDADNASKAVETLKNGITLEGSLVGGKTTL
+TIKEGTVTLKKEIEKAGTVKLFLDDTASGATKKTAVWNDTSNTLTVSADSKKIKDFAFLT
+DGTITVQNYNKAGTTLEGKATEIKDLEALKAALK
+>ospA_protein_86
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATIDK
+LELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTISDDLDETKLETFKEDGTTLVSRKVTLKDKS
+STEEKFDAKGAAVTEKVITRKDGTRLEYTGMKSDGSGKAKEVLKNFALDGTLDTSGKTTL
+TVKQDTVTLTKEIDKDGKVKISLEDTASSPKKTGAWVDATNTLTISANNKKTKDLVFTKE
+NTITVQSYDSGGTTLTGKAVEITTLENLKNALK
+>ospA_protein_87
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEIKVLVSKEKNKDGKYSLMATVDK
+LELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTVSDDLGQTTLEVLKEDGKTLVSRKVTSKDKS
+STEEKFNEKGELAEKIMTRANGTRLEYTEIKSDGSGKAKEVLKDYVLEGTLTAEKTTLVV
+KEGTVTLSKHISKSGEVTAELNDTESSSATKKTAAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTKE
+NTITVQKYDTAGTNLEGSAVEIKKLDELKNALK
+>ospA_protein_88
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLEATVDK
+LELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKAKLTIADDLSQTKFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNDKGKLSEKVVTRANGTRLEYTEIQNDGSGKAKEVLKSLTLEGTLTADGETKLT
+VEAGTVTLSKNISESGEITVELKDTETTPADKKSGTWDSKTSTLTISKNSQKTKQLVFTK
+ENTITVQKYNTAGTKLEGSPAEIKDLEALKAALK
+>ospA_protein_89
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMTVLVSKEKDKDGKYSLEATVDK
+LELKGTSDKNNGSGTLEGEKTDKSKVKLTIADDLSQTKFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNEKGETSEKTIVRANGTRLEYTDIKSDGSGKAKEVLKDFTLEGTLAADGKTTLK
+VTEGTVVLSKNILKSGEITVALDDSDTIGTKKTGKWDSKTSTLTISVNSQKTKNLVFTKE
+DTITVQKYDSAGTNLEGKAVEITTLKELKDALK
+>ospA_protein_90
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVEK
+IELKGTSDKSNGSGVLEGEKADKSKVKLTIADDLSQTKFEIFKEDGTTLVSRKVNSKDKS
+STEEKFNDKGKLSEKVVTRKDGTRLEYTDIQSNGSGKAKEVLKGLTLEGTLTADGETKLT
+VEEGTVTLSKNISKSGEITVALDDTASADKKSGTWDSDTSTLTISKNSQKTKQLVFTKEN
+TITVQKYNTAGTKLEGSPAEIKDLTELKTALK
+>ospA_protein_91
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGVKTDKSKAKLTIADDLSQTKFEIFKEDGTTLVSRKVTLKDKS
+STEEKFNAKGELSEKTIVRANGTRLEYTDIKNGTGKAKEVLKDLALEGTLTADGKTTLTI
+QEGTVTLKKEIEKAGTVKLFLDDTTSGSTKKTAVWSDTSNTLTVSADSKKIKDFVFLTDG
+TITVQNYDTAGTTLAGTATEIKDLTALKTALK
+>ospA_protein_92
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGEKTDKSKAKLTISQDLNQTTFEIFKEDGKTLVSRKVNSKDKS
+STEEKFNDKGKLSEKVVTRANGTRLEYTEIQNDGSGKAKEVLKGLTLEGTLTADGETKLT
+VTEDTVTLSKNISKSGEITVALKDTASADKKTGEWEEGTSTLTISKNSQKTKQLVFTKEN
+TITVQKYNTAGTKLEGSPAEIKDLTELKAALK
+>ospA_protein_93
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVEK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGEKADKSKAKLTISQDLNQTTFEIFKEDGKTLVSRKVNSKDKS
+STEEKFNDKGKLSEKVVTRKDGTRLEYTGIQNDGSGKAKEVLKGLTLEGTLTADGETKLT
+VTEKTVTLSKNISKSGEITVDLKDTDSSADKKSGTWDSDTSTLTIIKNSLKTKQLVFTKE
+NTITVQNYNRAGNALEGSPAEIKDLAELQAALK
+>ospA_protein_94
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVEK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGEKADKSKAKLTISQDLNQTTFEIFKEDGKTLVSRKVNSKDKS
+STEEKFNDKGKLSEKVVTRANGTRLEYTDIQNDGSGKAKEVLKGLTLEGTLTAGGETKLT
+VTEDTVTLSKNISKSGEITVDLKDTDSSADKKSGTWDSDNSTLTISKNSRKTKQLVFTKE
+NTITVQKYNTAGNALEGSPAEIKDLAELQAALK
+>ospA_protein_95
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+LELKGTSDKSNGSGILEGEKADKSKAKLTISQDLNQTTFEIFQEDGKTLVSRKVNSKDKS
+STEEKFNDKGKLSEKVVTRKDGTRLEYTEIQNDGSGKAKEVLEGLTLEGTLAADGKTTLT
+VTEGTVTLNKHISKSGEITADLKDTDSSSGNKKSGTWDSDTSTLTIIKNSQKTKQLVFTK
+ENTITVQNYNTAGNALEGSPDEIKDLAKLQAALK
+>ospA_protein_96
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+LELKGASDKNNGSGTLEGEKTDKSKAKLTIAEDLSKTTFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNAKGEASEKTIVRANGTRLEYTDIKSDKTGKAKEVLKDFALEGTLAADGKTTLK
+VTEGTVVLSKHISNSGEITVELNDSDTTQATKKTGTWDSKTSTLTISVNSRKTKNLVFTK
+EDTITVQKYDSAGTNLEGKAVEITTLKELKDALK
+>ospA_protein_97
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSASVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLKATVDK
+IELKGTSDKDNGSGVLEGTKDDKSKAKLTIADDLSKTTFELFKEDGKTLVSRKVSSKDKT
+STDEMFNEKGELSAKTMTRENGTKLEYTEMKSDGTGKAKEVLKNFTLEGKVANDKVTLEV
+KEGTVTLSKEIAKSGEVTVALNDTNTTQATKKTGAWDSKTSTLTISVNSKKTTQLVFTKQ
+DTITVQKYDSAGTNLEGTAVEIKTFDELKNALK
+>ospA_protein_98
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+LELKGTSDKNNGSGTLEGEKTDKSKVKLTIADDLSQTKFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNEKGETSEKTIVRANGTRLEYTDIKSDGSGKAKEVLKDFTLEGTLAADGKTTLK
+VTEGTVVLSKNILKSGEITVALDDSDTIGTKKTGKWDSKTSTLTISVNSQKTKNLVFTKE
+DTITVQKYDSAGTNLEGKAVEITTLKELKDALK
+>ospA_protein_99
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYELMATVDK
+LELKGTSEKSNGSGVLEGVKADKSKVKLTISDDLSQTTLEVFKEDGKTLVSKKVTSKDKS
+STEEKFNEKGEVSEKTITRADGTRLEYTEIKSDGSGKAKEVLKGYTLEGTSTAEKTTFMI
+KEGTVTLSKNISKSGEVSVELNDTDSTAGTKKTGAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTKE
+NTITVQKYDSNGTKLEGSAVELKTLDEIKAALK
+>ospA_protein_100
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDVPGGMTVRVSKEKNKEGKYDLMATVDK
+LELKGTSDKNNGSGILEGVKADKSKVKLTVADDLSKTTLEVLKEDGKTVVSRKVTSKDKS
+TTEAKFNEKGEVSEKTMTRANGTTLEYSQMTNEDNAAKAVETLKNGIKFEGKLVSGKTAV
+EIKESTVTLKREIDKNGKVTVSLNDTGSKKTASWQESTSTLTISASSKKTKDLVFLTNGT
+ITVQNYDSAGTNLEGSATEIKTLDELKNALK
+>ospA_protein_101
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSGLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+LELKGTSDKNNGSGILEGVKADKSKVKLTVSEDLSTTTLEVLKEDGKTLVSKKTTSKDKS
+STEEKFNDKGELAEKTMVRANGTRLEYTEVKSDGSGKAKETLKDYALEGTLTAEKATLVV
+KEGTVTLSKHISKSGEVTAELNDTDSAQATKKTGKWDAGTSTLTISVNSKKTKNLVFTKQ
+DTITVQKYDSAGTNLEGTAVEIKTLDELKNALK
+>ospA_protein_102
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDN
+LELKGTSEKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTVSEDLSTTTLEVLKEDGKTFVSKKTTSKDKS
+STEEKFNDKGELSEKTMVRANGTRLEYTEIKNDGSGKAKETLKEYVLEGTLTAEKATLTV
+KEGTVTLSKHISKSGEVTAELNDTDSAQATKKTGKWDAGTSTLTIIVNSKKTKDLVFTKQ
+DTITVQKYDSAGTNLEGTAVEIKTLDELKNALK
+>ospA_protein_103
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEIKVLVSKEKNKDGKYSLMATVDK
+LELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTVSDDLGQTTLEVLKEDGKTLVSRKVTSKDKS
+STEEKFNEKGELAEKIMTRANGTRLEYTEIKSDGSGKAKEVLKDYVLEGTLTAEKATLVV
+KEGTVTLSKHISKSGEVTAELNDTESSSATKKTAAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTKE
+NTITVQKYDTAGTNLEGSAVEIKKLDELKNALK
+>ospA_protein_104
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSKLDDKNSTSVDLPGGVKVLVSKEKDKDGKYTLMATVDK
+LELKGTSDKNNGSGTLEGAKTDKSKVKLTISDDLSKTTLETLKEDGKTLVSRKVNSKDMS
+SEEEKFNDKGELAEKVILRDNGTRLEYTEIKSDGTGKAKEVLKNFTLEGTLANDKTTLTV
+VEATVTLNKHIEKSGKITVDLNDTSTTAATKKTAEWDPNNSTLTISINNKKTTQLVFTKQ
+DTITMQKYNTNGDALEGVAVEITTLDALKNALK
+>ospA_protein_105
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSGLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+LELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTVSDDLSQTTLEVLKEDGKTLVSRKVTSKDKS
+KTEEKFNEKGELSEKIMTRANGTRLEYTEIKSDGSGKAKEVLKDYTLEGTLAAEKTTLVV
+KEGTVTLSKNISKSGEVTVELNDTDSTPATKKTGAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTKE
+NTITVQKYDGAGTKLEGSAVEIKTLNELKNALK
+>ospA_protein_106
+MNKYLLGIGLILALISCKQNVSSLDEKNSSTVGLPGDMKVLVSREKDKDGKYSLMATVDG
+VELKGTSDKNNGSGVLEGTKADKSKVKLTISDDLEETILEVSKEDGKTLVSRKTNSKDKS
+ILDEKFNEQGELSERVLTRENGSKLESTEIKSDGTGKAKEISKDLILEGTLANDKATLTV
+VEGTVTLNKHIAKDGEITVDLNDTSTTSGTKKTATWDSNNHTLTITVNNLKTKDLVFTKE
+GTITVQKYNTAGDALEGTPAEIKTLDELKDALK
+>ospA_protein_107
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSDSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLTATVDK
+IELKGTSDKNNGSGVLEGLKADKNKVKLTISDDLSKTTFEIFKEDGKTLVLKRVNSKDKS
+STEEKFNEKGELYEKILTRENGTRLEYTEIKSDGTGKAKEVLKDFTLEGTLAAEKATLMV
+KEGTVTLSKNIAKSGEVTVEIADTNSDASTKKSGKWDSNTSTLTIAINSKNKKNLVFTKQ
+DTITVQNYDSAGTKLEGTAVEIKTLDELKNALK
+>ospA_protein_108
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATIGK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGVKADKSKAKLTIADDLSQTKFEIFKEDGTTLVSRKVTLKDKS
+STEEKFDAKGAAVTEKVIIRKDGTRLEYTEMQNDGSGKAKEVLKTLTLEGTLDASGKTTL
+TVKEGTVTLNKHISKSGEITADLNDTETTPADKKTGAWDSGTSTLKISKNSKKTKQLVFT
+KENTITVQNYDSAGTNLEGKAVEITTLENLKDALK
+>ospA_protein_109
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATIGK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGVKADKSKAKLTIADDLSQTKFEIFKEDGTTLVSRKVTLKDKS
+STEEKFDAKGAAVTEKVITRKDGTRLEYTEMKNDGSGKAKEVLKTLTLEGTLDASGKTTL
+TVKEGTVTLNKHISKSGEITADLNDTETTPADKKTGAWDSGTSTLKISKNSKKTKQLVFT
+KENTITVQSYDSAGTNLEGKAVEITTLENLKNALK
+>ospA_protein_110
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSTSVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+VELKGTSDKNNGSGTLEGVKDDKSKVKLTISDDLGETKLETFKEDGKTLVSRKVNFKNKS
+FTEEKFNEKGELSEKVLTRENGTKLEYTEIKNNGTGKAKEVLKNFTLEGTLAADKATLKI
+TEGTVTLSKHIANSGEVTVEINDTSSTQATKKTGKWDAKTSTLTIVVDSKNKKNLVFTKQ
+DTITIQSYDSAGTNLEGTAVEIKTLDELKNALK
+>ospA_protein_111
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKGKDGKYSLMATIDK
+LELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTISDDLDETKLETFKEDGTTLVSRKVTLKDKS
+STEEKFDAKGAAVTEKVITRKDGTRLEYTGMKSDGSGKAKEVLKNFALDGTLDTSGKTTL
+TVKQDTVTLTKEIDKDGKVKISLEDTASSPKKTGAWVDATNTLTISANNKKTKDLVFTKE
+NTITVQSYDSGGTTLTGKAVEITTLENLKNALK
+>ospA_protein_112
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSASVDLPGEMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVDK
+VELKGTSDKNNGSGMLEGVKDDKSKVKLTISDDLSKTTLETFKEDGKTLVSRKVNSKDKS
+STVEKFNEKGELSEKIITRENGTRLEYTEIKSDGTGKAKEVLKDFTLEGTLAADKATLEV
+KEGTVTLSKHIAKSGEVTAEINDTSTTQATKKTGKWDANTSTLTIVVDSKNKKNLVFTKQ
+DTITVQNYDAAGTNLEGTAVEIKTFDELKNALK
+>ospA_protein_113
+MKKYLLGISLILALIACKQNAGDTASTDGKTSVDLPSGEKVLVSKEKNKDGKYELMATVD
+NLELKGTSDKNDGSGTLEGVKDDKSKVKLTVSDDLSETKLETLKEDGTPVSTKTTSKDKS
+VTEEKFDDKGELTDKIITRANGTKLELTEITKEGKAKVKETLKHLTLEGTLADKKITLAV
+KEGTVTLSKEIDENEKVTVSVKDTSTTDATKKTGAWDENTSTLTITVNSKKTKDIVFLAD
+GTITKQSYNTNGDKLEGQAEEVKTLDDLKTALK
+>ospA_protein_114
+MKKYLLGISLILALIACKQNAGDTASGDSNTSSSVELSSGEKVLVSKEKNKDGKYELMAT
+VGNLELKGTSDKNDGSGTLEGVKDDNSKVKLTVSDDLETTLEITKADGKKVSKKTTAKDK
+SSTEEIFDANGEYVTEKTITRANGTKLELTEMTKEGKGKAKEALKNFTLEGAVENNKIKL
+EVKEGTVTLAKEIDENDGKVTISVEDTNTTQASKKTGDWDENTSTLTITVNSKKTKDLVF
+TKEGTITQQSYNTNGDKLEGQAEEIKTLDDLKTALK
+>ospA_protein_115
+MKKYLLGISLILALIACKQNAGDTASGDSNTSSSVELSSGEKVLVSKEKNKDGKYELMAT
+VGNLELKGTSDKNDGSGTLEGVKDDNSKVKLTVSDDLETTLEITKADGKKVSKKTTAKDK
+SSTEEIFDANGEYVTEKTITRANGTKLELTEMTKEGKGKAKEALKNFTLEGAVENNKIKL
+EVKEGTVTLAKEIDENDGKVTISVEDTNTTQASKKTGDWDENTSTLTITVNSKKTKALVF
+TKEGTITQQSYDTNGDNLTGQAEEIKTLDDLKTALK
+>ospA_protein_116
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGEMKVFVSKEKDKDGKYSLMATIDK
+LELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTISDDLDETKLETFKEDGTTLVSRKVTLKDKS
+STEEKFDAKGAAVTEKVITRKDGTRLEYTGMKSDGSGKAKEVLKNFALDGTLDTSGKTTL
+TVKQDTVTLTKEIDKDGKVKISLDDTASSSKKTGAWVDATNTLTISANSKKTKDLVFTKE
+NTITVQSYDSGGTTLTGKAVEITTLENLKNALK
+>ospA_protein_117
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVLVSKEKDKDGKYSLMATVEK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGEKADKSKAKLTIAEDLSKTTFEIFKEDGKTLVSKKVTLKDKS
+STEEKFNAKGEVSEKTIVRANGTRLEYTEIQNDGSGKAKEVLKGLTLEGTLAVDGETKLT
+VKEGTVTLSKNISNSGEITVELNDSDTTQATKKTGKWDSDTSTLTISVNSKKTKQFVFTK
+EDTITVQKYNTAGTALEGSPAEIKDLTELKTALK
+>ospA_protein_118
+MKKYLLGIGLILALIACKQNVSSLDEKNSVSVDLPGGMKVFVSKEKDKDGKYSLIATVEK
+LELKGTSDKSNGSGVLEGEKADKSKAKLTISQDLNQTTFEIFKEDGKTLVSRKVNSKDKS
+STEEKFNDKGKLSEKVVTRANGTRLEYTEIKNDGSGNAKEVLKGLTLEGTLTADGETKLT
+VTEGTVTLSKNISKSGEITVALNDTETTPADKKTGEWKSDTSTLTISKNSQKTKQLVFTK
+ENTITVQNYNRAGTTLEGSPAEIKDLAELKAALK

variants/serotypes.csv

@@ -39,13 +39,13 @@
 38,3,B. garinii
 39,3,B. garinii
 40,17,B. yangtzensis
-41,unk,B. americana
-42,unk,B. carolinensis
-43,unk,B. Japonica
+41,18,B. americana
+42,20,B. carolinensis
+43,22,B. japonica
 44,unk,B. californiensis
 45,unk,B. kurtenbachii
 46,9,B. bavariensis
-47,unk,B. bissettiae
+47,19,B. bissettiae
 48,1,B. burgdorferi
 49,11,B. garinii
 50,14,B. mayonii
@@ -83,5 +83,38 @@
 83,6,B. garinii
 84,5,B. garinii
 85,10,B. garinii
-86,16,B. valaisiana
-87,unk,B. finlandensis
+86,25,B. valaisiana
+87,21,B. finlandensis
+88,7,B. garinii
+89,6,B. garinii
+90,unk,B. garinii
+91,10,B. bavariensis
+92,3,B. garinii
+93,3,B. garinii
+94,3,B. garinii
+95,3,B. garinii
+96,12,B. garinii
+97,2,B. afzelii
+98,6,B. garinii
+99,18,B. americana
+100,unk,B. andersonii
+101,19,B. bissettiae
+102,20,B. carolinensis
+103,21,B. finlandensis
+104,22,B. japonica
+105,unk,B. lanei
+106,unk,B. sinica
+107,unk,B. tanukii
+107,unk,B. tanukii
+107,unk,B. tanukii
+108,24,B. turdi
+109,24,B. turdi
+110,15,B. valaisiana
+111,25,B. valaisiana
+112,17,B. yangtzensis
+113,23,B. lusitaniae
+114,23,B. lusitaniae
+115,23,B. lusitaniae
+116,25,B. valaisiana
+117,unk,B. garinii
+118,3,B. garinii

variants/thresholds.csv

@@ -16,3 +16,11 @@ Serotype,Threshold
 15,90.29
 16,90.29
 17,91.9
+18,97.0
+19,97.0
+20,98.17
+21,97.0
+22,97.0
+23,80.14
+24,90.29
+25,97.0