Command API

No HyperSpigot há uma nova forma mais eficiente de criar comandos, ela é praticamente um fork incorporado do spigot-command-api.

Como criar comandos

Para criar comandos utilizando a API do HyperSpigot veja a própria wiki da original clicando aqui.

Como registrar

A única diferença da API no HyperSpigot é que você não registra os comandos pelo CommandHandler (inclusive ele deve ser deletado em breve), mas sim pela própria classe Bukkit.