ddbj-ld-proxy

Proxy API for DDBJ search ElasticSearch cluster

起動とデータロード

• 最新のコンテナの起動方法などは以下に従う
  • https://github.com/microbiomedatahub/docker-microbiome-datahub/blob/main/README.md

API reference

/

部分一致検索だが、現在インデックスが正しく設定しておらず何も返さない

/plotly_data

prameters

• id: strings カンマ区切りのID

• view: int plotly viewに対応するIDを引数として渡す.responseのスキーマが選択される（予定）

curl -XGET 'http://127.0.0.1:4001/plotly_data?id=H73F2DSXY_PG3460_605A3535,H73F2DSXY_PG3460_666A0202&view=taxonomic_comparison'

ElasticSearchのtaxonomic_comparisonインデックスをの検索結果を整形して返すため、データの登録が必要。

/bioproject

postするクエリbodyをそのままnode.jsのsearchメソッドに渡し、ElasticSearchの_searhを利用して検索を行う。現在シンプルなmatchクエリ、termクエリの動作は確認している。

curl 'http://127.0.0.1:4001/bioproject' --data '
{"query": {"term": {"title":{"value": "disease"}}}
}' -X POST -H 'Content-Type:application/json'

curl 'http://127.0.0.1:4001/bioproject' --data '
{"query": {"match": {"title":"disease"}}
}' -X POST -H 'Content-Type:application/json'

/bioproject/_doc/:id

登録されたbioprojectのindex検索を行います。　

curl 'http://127.0.0.1:4001/bioproject/_doc/PRJNA192445'

/bioproject/_search?q=

登録されたbioprojectメタデータ全体ををBasic Match Queryで検索します。

curl 'http://127.0.0.1:4001/bioproject/_search?q=gut'

/genome/_doc/:id

登録されたゲノム情報のindex検索をおこないます。

https://mdatahub.org/api/genome/_doc/PRJDB11811_OceanDNA-a1001

/genome/_search?q=

登録されたgenomeのメタデータ全体をBasic Match Queryで検索します。

https://mdatahub.org/api/genome/_search?q=hogehoge

/genome

POSTされたクエリボディをそのままElasticSearchに渡しその結果を返します。

curl 'https://mdatahub.org/api/genome' --data '{"query": {"match": {"data type":"MAG"}}}' -X POST -H 'Content-Type:application/json'

/metastanza_data

• /metastanza_data/bioproject/{acc}

  • BioProjectのaccessionでメタデータを取得しmetastanza(Hash table)形式のJSONを返します

• /metastanza_data/bioproject?q={}

  • ElasticSearchを検索しmetastanza(pagination table)形式のJSONを返します

ダウンロードAPI

メタデータのダウンロード

projectおよびgenomeのメタデータをtsv形式でダウンロードすることができます。

# project
https://mdatahub.org/api/dl/project/metadata/PRJNA13694,PRJNA13696

# genome
https://mdatahub.org/api/dl/genome/metadata/GCA_029762495.1,GCA_000208265.2

系統組成データのダウンロード

系統組成データをプロジェクトごとに系統組成のランクに分かれたtsvファイルとしてダウンロードすることができます。

配列ダウンロード

genome,cds,proteinの配列（fna,faa）をAPIを利用してダウンロードすることができます。

http://mdatahub.org/api/dl/sequence/{type}/{GCA[,]}

typeにはgenoem,protein,cdsのいずれかの文字列、GCAはバージョンまで含めたGCA IDを指定する