M5: Science Ouverte pour l’Évaluation des Conditions des Cultures

Comment les jeux de données de la NASA peuvent-ils être utilisés pour cartographier l’état des cultures ?

Le cinquième module de notre curriculum open climate-science se concentre sur la manière de démarrer un projet de science computationnelle reproductible, en utilisant les conditions des cultures comme exemple thématique. À la fin de ce module, vous devriez être capable de :

• Accéder et utiliser des jeux de données satellitaires sur la productivité végétale, l’état des cultures et l’évapotranspiration.
• Calculer un indice des besoins en eau des cultures agricoles.

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Contenu

1. Créer un plan de projet
2. Créer un environnement de recherche reproductible
3. Mettre en place des workflows de traitement des données
4. Écrire un algorithme transparent

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Bien démarrer

Voir le guide d’installation ici.

Vous pouvez exécuter les notebooks de ce dépôt en utilisant Github Codespaces ou comme conteneur de développement VSCode. Une fois votre conteneur lancé, démarrez Jupyter Notebook avec :

# Créez votre propre mot de passe lorsque demandé
jupyter server password

# Puis lancez Jupyter Notebook
jupyter notebook

Les bibliothèques Python nécessaires aux exercices peuvent être installées avec le gestionnaire de paquets pip :

pip install xarray netcdf4 dask

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Résultats d’apprentissage

Ce cours couvre les Compétences fondamentales en science des données computationnelle suivantes :

• Documenter les relations entre le code, les résultats et les métadonnées (CC1.5)
• Utiliser un gestionnaire de paquets pour installer et gérer les dépendances logicielles (CC1.10)
• Mettre à l’échelle un workflow computationnel (CC2.6)
• Comprendre les versions et publications logicielles (CC4.4)

En plus, les apprenants verront comment :

• Utiliser Pixi pour gérer un environnement logiciel et ses dépendances
• Utiliser Snakemake pour automatiser des tâches reproductibles
• Calculer l’Indice de Satisfaction des Besoins en Eau (WRSI)

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Remerciements

Ce curriculum a été rendu possible grâce à une subvention du programme de formation NASA Transition to Open Science (TOPS) (80NSSC23K0864), dans le cadre du programme TOPS de la NASA.