[Bug]: 自动折叠单子目录链导致源码结构丢失、Token浪费及用户体验问题

[walnut-tom]

Bug Description

OpenViking 在通过 ov add-resource 索引本地目录时，默认会自动折叠单子目录链（当父目录仅包含一个子目录时，跳过中间层级）。这一行为对 Java Maven/Gradle 项目的多级包结构（如 com/fasterxml/jackson/datatype/jsr310/）造成严重影响：

1. 结构丢失：真实的多级包路径被压缩，用户无法通过 ov ls/tree 看到完整源码层级；
2. Token 浪费：后续修改目录结构（如加文件触发重索引）时，旧 URI 的索引内容不会自动清理，导致同一文件被重复索引；
3. 用户困惑：折叠过程无提示/警告，用户不知道目录结构被修改；CLI 无关闭折叠的选项，被迫使用 .keep 占位文件等 workaround。

Steps to Reproduce

1. 准备标准 Java 包结构目录：

   src/main/java/
     com/                  ← 仅含 fasterxml/
       fasterxml/          ← 仅含 jackson/
         jackson/          ← 仅含 datatype/
           datatype/       ← 仅含 jsr310/
             jsr310/
               Test.java  ← 实际文件
   

2. 执行索引命令：

   ov add-resource src/main/java --to viking://resources/java --timeout 300

3. 查看索引后的目录结构：

   ov tree viking://resources/java/ -L 5

4. 在 src/main/java/com/ 下新增一个文件 README.md，触发重索引：

   touch src/main/java/com/README.md
   ov add-resource src/main/java --to viking://resources/java --timeout 300

5. 再次查看结构并检查是否存在重复索引。

Expected Behavior

1. 保留完整层级：即使目录链每层仅含单个子目录，也应保留原始路径结构（尤其对 src/java/ 等源码目录应智能识别）；
2. 重索引清理：重索引时自动清理旧 URI 的冗余内容，避免同一文件多份索引；
3. 用户友好：
   • 折叠时输出警告日志（如 折叠目录: src/main/java/com/）;
   • 提供 CLI 参数（如 --no-collapse）关闭自动折叠；
4. 源码适配：对常见源码结构（Maven/Gradle 的 src/main/java/、前端 src/ 等）默认保留层级。

Actual Behavior

1. 结构折叠：步骤3中 ov tree 输出类似：

   viking://resources/java/
     Test.java  ← 实际路径是 com/fasterxml/jackson/datatype/jsr310/Test.java
   

   真实包结构完全丢失。
2. 重复索引：步骤5重索引后，旧 URI（viking://resources/java/Test.java）和新 URI（viking://resources/java/com/README.md 及新结构）共存，导致 Token 浪费。
3. 无提示/无开关：全程无日志说明目录被折叠；CLI 无 --no-collapse 等参数，用户只能手动在每层加 .keep 或调整目录结构。

Minimal Reproducible Example

- 每层单子目录加 `.keep` 占位文件；
- 直接索引最深层目录（如 `ov add-resource src/main/java/com/fasterxml/jackson/datatype/jsr310 --to viking://resources/java/...`）；
- 重索引前手动 `ov rm` 旧目录。

Error Logs

OpenViking Version

0.3.10

Python Version

3.12.13

Operating System

Linux

Model Backend

None

Additional Context

Workarounds (Current)

• 每层单子目录加 .keep 占位文件；

• 直接索引最深层目录（如 ov add-resource src/main/java/com/fasterxml/jackson/datatype/jsr310 --to viking://resources/java/...）；

• 重索引前手动 ov rm 旧目录。

• 该问题对所有天然多级单子目录链的场景（如 Java 包、前端 src/components/ui/...）都适用；

• 用户反馈：把结构困惑留给用户，不符合开发者工具易用性原则；

[MaiHHConnect]

💬 我也在做记忆系统相关的工作：CausaMem，可以来看看，说不定有能借鉴的地方 🙂

[walnut-tom]

💬 我也在做记忆系统相关的工作：CausaMem，可以来看看，说不定有能借鉴的地方 🙂

不解决问题,每个 issue 下都这么叭叭有意思吗?

[qin-ctx]

@myysy 看下这个问题

[myysy]

@walnut-tom 我这边复现，好像没有发现目录被直接折叠的情况

>tree tt_a                                                                                                           
tt_a
└── a
    └── aaa
        └── aaaa
            └── aaaaa
                └── aa.txt
>ov add-resource tt_a/a --to viking://resources/java --wait --timeout 100000
>ov tree viking://resources/java -L 5
cmd: ov tree viking://resources/java -l 128 -n 256 -L 5
uri                                          size  isDir  modTime   rel_path             abstract                                                                                                                        
viking://resources/java/aaaa                 4096  true   12:35:02  aaaa                 This is a minimal, under-developed repository structure centered around the top-level directory `aaaa` and its single subdire...
viking://resources/java/aaaa/aaaaa           4096  true   12:34:52  aaaa/aaaaa           This is a top-level directory with no direct files of its own, containing only one subdirectory. It is a minimal, under-devel...
viking://resources/java/aaaa/aaaaa/aa        4096  true   12:34:44  aaaa/aaaaa/aa        This is a minimal directory containing only a single placeholder Markdown file with no substantive content. It currently serv...
viking://resources/java/aaaa/aaaaa/aa/aa.md     3  false  12:34:31  aaaa/aaaaa/aa/aa.md 

其中 aaa 目录不存在是因为 zip 的处理逻辑，多出来的 aa 目录是因为 aa.txt 走了 markdown 处理分支，而 aaaa 目录和 aaaaa 目录 并没有被自动折叠

我的 openviking commit hash 是 6863c02

[walnut-tom]

嗯就是前面少了一层，如果 a下面有 aaa、bbb两个子目录就不会少