Pubmed XML: mapear @article-type (SPS) para PublicationType (vocabulário fechado do PubMed)

[Rossi-Luciano]

Descrição da tarefa

Parte de #1226.

get_publication_type em packtools/sps/formats/pubmed.py hoje faz apenas @article-type.replace("-", " ").title(), sem mapear para o vocabulário fechado do PubMed (Journal Article, Case Reports, Review, Letter, Editorial, etc. — ver NBK3828). Isso não bate 1:1 com os valores de @article-type do SPS.

Subtarefas

• Criar tabela de mapeamento @article-type → PublicationType, com base nas descrições da "Tabela C: Equivalência de tipos de documentos SPS x Critérios SciELO Brasil" do guia SPS 1.10 (ex.: case-report→Case Reports, retraction→Retraction Notice, correction→Published Erratum, review-article→Review, letter→Letter, editorial→Editorial)
• Definir com o time/autor da issue o valor padrão para tipos sem equivalente direto (obituary, brief-report, addendum, rapid-communication, expression-of-concern, clinical-instruction, oration, discussion, book-review, partial-retraction, reply, article-commentary, data-article, other) — proposta inicial: Journal Article como default
• Aplicar a regra de exclusão mútua do PubMed (Editorial/Letter/News não combinam com Journal Article)
• Adicionar testes em tests/sps/formats/test_pubmed.py

Considerações e notas

Este mapeamento é uma decisão editorial, não puramente técnica — a lista de tipos sem equivalente direto deve ser validada antes de fechar a implementação.

[Rossi-Luciano]

@robertatakenaka Preciso de uma decisão editorial antes de fechar esta issue.

O PubMed tem um vocabulário fechado para PublicationType (Address, Case Reports, Clinical Trial, Editorial, Journal Article, Letter, Review, Retraction Notice, Published Erratum, etc. — lista completa em https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3828/). O SPS tem sua própria lista de @article-type (packtools/sps/sps_versions/sps-1.10/article_type.json), que não bate 1:1 com o vocabulário do PubMed.

Usando as descrições da própria "Tabela C" do guia SPS 1.10, proponho este mapeamento inicial, que cobre a maioria dos casos com equivalência direta e razoavelmente óbvia:

@article-type	PublicationType proposto
research-article	Journal Article
case-report	Case Reports
review-article	Review
letter	Letter
editorial	Editorial
retraction	Retraction Notice
partial-retraction	Retraction Notice
correction	Published Erratum
data-article	Journal Article

Dúvida real: os seguintes @article-type do SPS não têm equivalente claro no vocabulário do PubMed:

• obituary
• brief-report
• addendum
• rapid-communication
• expression-of-concern
• clinical-instruction
• oration
• discussion
• book-review
• reply
• article-commentary
• other

Minha proposta é usar Journal Article (o valor default do PubMed) para todos esses quando não houver equivalente melhor — mas antes de implementar assim, quero confirmar se você (ou alguém do time editorial) concorda, ou se algum desses merece um mapeamento mais específico (ex.: expression-of-concern → Expression of Concern é um valor válido no vocabulário do PubMed, então esse caso específico eu ia mapear direto; queria só confirmar antes de decidir os demais sozinho).

[Rossi-Luciano]

Abri o #1255 implementando a tabela de correlação direta proposta acima.

Sobre os @article-type sem equivalente claro (obituary, brief-report, addendum, rapid-communication, clinical-instruction, oration, discussion, book-review, reply, article-commentary, other): decidi omitir <PublicationType> para esses casos, em vez de usar Journal Article como default (a proposta original acima).

Motivo: conferi a DTD oficial do PubMed (https://dtd.nlm.nih.gov/ncbi/pubmed/in/PubMed.dtd) e PublicationType é opcional dentro de <Article> (PublicationType*, zero ou mais — não há nenhum elemento obrigatório em Article além de Journal). Como o vocabulário é fechado, forçar Journal Article num tipo que claramente não é um "artigo de periódico" comum (obituary, book-review, oration, por exemplo) me pareceu pior do que simplesmente não informar o campo — arriscaria uma classificação incorreta na indexação do PubMed em vez de deixar o campo ausente, que é uma representação válida e sem ambiguidade.

Se você (ou o time editorial) preferir manter o default Journal Article mesmo assim, é uma troca de uma linha no PR — fico à disposição para ajustar.

expression-of-concern → Expression of Concern foi incluído no mapeamento direto, como já cogitado no comentário anterior.