diff --git a/FalconProblem1.1.csv b/FalconProblem1.1.csv new file mode 100644 index 0000000..b859d94 --- /dev/null +++ b/FalconProblem1.1.csv @@ -0,0 +1,141 @@ +,ENO_f,ENO_b,EX_adp_f,EX_adp_b,EX_atp(e)_f,EX_atp(e)_b,EX_glc(e)_f,EX_glc(e)_b,EX_h(e)_f,EX_h(e)_b,EX_nad(e)_f,EX_nad(e)_b,EX_pi(e)_f,EX_pi(e)_b,EX_pyr(e)_f,EX_pyr(e)_b,FBA_f,FBA_b,GAPD_f,GAPD_b,HEX1,PFK_f,PFK_b,PGI_f,PGI_b,PGK_f,PGK_b,PGM_f,PGM_b,PYK_f,PYK_b,TPI_f,TPI_b,TR_h2o_f,TR_h2o_b,TR_atp_f,TR_atp_b,TR_adp_f,TR_adp_b,TR_h_f,TR_h_b,TR_pi_f,TR_pi_b,TR_pyr_f,TR_pyr_b,TR_nad_f,TR_nad_b,TR_glc_D_f,TR_glc_D_b,D_nadh_f,D_nadh_b,n,z,t_21,csens,b +h2o[c],1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +atp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,1,,,-1,1,,,1,-1,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +adp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,-1,,,1,-1,,,-1,1,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +h[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,1,1,-1,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pi[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,=,0 +pyr[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,=,0 +nad[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,=,0 +nadh[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,=,0 +h[e],,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pep[c],1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +13dpg[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +3pg[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +dhap[c],,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +glc_D[e],,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,=,0 +atp[e],,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pi[e],,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,=,0 +adp[e],,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +glc_D[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,=,0 +g3p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,-1,1,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +2pg[c],-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +nad[e],,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,=,0 +pyr[e],,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,=,0 +fdp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +f6p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +g6p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +LFP unitary,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,=,1 +ENO_f:U,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,<=,0 +ENO_f:L,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,<=,0 +ENO_b:U,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,<=,0 +ENO_b:L,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,<=,0 +EX_adp_f:U,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_adp_f:L,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_adp_b:U,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_adp_b:L,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_atp(e)_f:U,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_atp(e)_f:L,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_atp(e)_b:U,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_atp(e)_b:L,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_glc(e)_f:U,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_glc(e)_f:L,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_glc(e)_b:U,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_glc(e)_b:L,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_h(e)_f:U,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_h(e)_f:L,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_h(e)_b:U,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_h(e)_b:L,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_nad(e)_f:U,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_nad(e)_f:L,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_nad(e)_b:U,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_nad(e)_b:L,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pi(e)_f:U,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_pi(e)_f:L,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pi(e)_b:U,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_pi(e)_b:L,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pyr(e)_f:U,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_pyr(e)_f:L,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pyr(e)_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_pyr(e)_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +FBA_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,<=,0 +FBA_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,<=,0 +FBA_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,<=,0 +FBA_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,<=,0 +GAPD_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,<=,0 +GAPD_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,<=,0 +GAPD_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,<=,0 +GAPD_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,<=,0 +HEX1:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,,<=,0 +HEX1:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,,<=,0 +PFK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,<=,0 +PFK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,<=,0 +PFK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,<=,0 +PFK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,<=,0 +PGI_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,<=,0 +PGI_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,<=,0 +PGI_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,<=,0 +PGI_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,<=,0 +PGK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,<=,0 +PGK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,<=,0 +PGK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,<=,0 +PGK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,<=,0 +PGM_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,<=,0 +PGM_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,<=,0 +PGM_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,<=,0 +PGM_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,<=,0 +PYK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,<=,0 +PYK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,<=,0 +PYK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,<=,0 +PYK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,<=,0 +TPI_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,<=,0 +TPI_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,<=,0 +TPI_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,<=,0 +TPI_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,<=,0 +TR_h2o_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_h2o_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h2o_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_h2o_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_atp_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_atp_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_atp_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_atp_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_adp_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_adp_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_adp_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_adp_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_h_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_h_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pi_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_pi_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pi_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_pi_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pyr_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_pyr_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pyr_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_pyr_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,<=,0 +TR_nad_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_nad_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,<=,0 +TR_nad_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_nad_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,<=,0 +TR_glc_D_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,-1000,,<=,0 +TR_glc_D_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,<=,0 +TR_glc_D_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,-1000,,<=,0 +TR_glc_D_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,<=,0 +D_nadh_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,-1000,,<=,0 +D_nadh_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,<=,0 +D_nadh_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,-1000,,<=,0 +D_nadh_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,<=,0 +FlxSum,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1000,,<=,0 +ObjPrior,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +RG_21,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,-1,<=,0 +RG_21,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,8.3387,,-1,<=,0 +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +LB,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0001,0,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +UB,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +Obj,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,0,0,-25.4694,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +y,16.6774,0,0,16.6774,16.6774,0,0,8.3387,16.6774,0,0,16.6774,0,16.6774,16.6774,0,8.3387,0,16.6774,0,8.3387,8.3387,0,8.3387,0,0,16.6774,0,16.6774,16.6774,0,8.3387,0,0,16.6774,0,16.6774,16.6774,0,0,16.6774,16.6774,0,0,16.6774,16.6774,0,8.3387,0,16.6774,0,1,0.12508,0,, diff --git a/FalconProblem1.csv b/FalconProblem1.csv new file mode 100644 index 0000000..e32dbe7 --- /dev/null +++ b/FalconProblem1.csv @@ -0,0 +1,141 @@ +,ENO_f,ENO_b,EX_adp_f,EX_adp_b,EX_atp(e)_f,EX_atp(e)_b,EX_glc(e)_f,EX_glc(e)_b,EX_h(e)_f,EX_h(e)_b,EX_nad(e)_f,EX_nad(e)_b,EX_pi(e)_f,EX_pi(e)_b,EX_pyr(e)_f,EX_pyr(e)_b,FBA_f,FBA_b,GAPD_f,GAPD_b,HEX1,PFK_f,PFK_b,PGI_f,PGI_b,PGK_f,PGK_b,PGM_f,PGM_b,PYK_f,PYK_b,TPI_f,TPI_b,TR_h2o_f,TR_h2o_b,TR_atp_f,TR_atp_b,TR_adp_f,TR_adp_b,TR_h_f,TR_h_b,TR_pi_f,TR_pi_b,TR_pyr_f,TR_pyr_b,TR_nad_f,TR_nad_b,TR_glc_D_f,TR_glc_D_b,D_nadh_f,D_nadh_b,n,z,t_21,csens,b +h2o[c],1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +atp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,1,,,-1,1,,,1,-1,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +adp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,-1,,,1,-1,,,-1,1,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +h[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,1,1,-1,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pi[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,=,0 +pyr[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,=,0 +nad[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,=,0 +nadh[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,=,0 +h[e],,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pep[c],1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +13dpg[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +3pg[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +dhap[c],,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +glc_D[e],,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,=,0 +atp[e],,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pi[e],,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,=,0 +adp[e],,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +glc_D[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,=,0 +g3p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,-1,1,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +2pg[c],-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +nad[e],,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,=,0 +pyr[e],,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,=,0 +fdp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +f6p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +g6p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +LFP unitary,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,=,1 +ENO_f:U,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,<=,0 +ENO_f:L,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,<=,0 +ENO_b:U,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,<=,0 +ENO_b:L,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,<=,0 +EX_adp_f:U,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_adp_f:L,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_adp_b:U,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_adp_b:L,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_atp(e)_f:U,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_atp(e)_f:L,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_atp(e)_b:U,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_atp(e)_b:L,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_glc(e)_f:U,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_glc(e)_f:L,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_glc(e)_b:U,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_glc(e)_b:L,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_h(e)_f:U,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_h(e)_f:L,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_h(e)_b:U,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_h(e)_b:L,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_nad(e)_f:U,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_nad(e)_f:L,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_nad(e)_b:U,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_nad(e)_b:L,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pi(e)_f:U,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_pi(e)_f:L,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pi(e)_b:U,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_pi(e)_b:L,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pyr(e)_f:U,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_pyr(e)_f:L,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pyr(e)_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +EX_pyr(e)_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +FBA_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,<=,0 +FBA_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,<=,0 +FBA_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,<=,0 +FBA_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,<=,0 +GAPD_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,<=,0 +GAPD_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,<=,0 +GAPD_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,<=,0 +GAPD_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,<=,0 +HEX1:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,,<=,0 +HEX1:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,,<=,0 +PFK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,<=,0 +PFK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,<=,0 +PFK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,<=,0 +PFK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,<=,0 +PGI_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,<=,0 +PGI_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,<=,0 +PGI_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,<=,0 +PGI_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,<=,0 +PGK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,<=,0 +PGK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,<=,0 +PGK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,<=,0 +PGK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,<=,0 +PGM_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,<=,0 +PGM_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,<=,0 +PGM_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,<=,0 +PGM_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,<=,0 +PYK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,<=,0 +PYK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,<=,0 +PYK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,<=,0 +PYK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,<=,0 +TPI_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,<=,0 +TPI_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,<=,0 +TPI_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,<=,0 +TPI_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,<=,0 +TR_h2o_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_h2o_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h2o_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_h2o_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_atp_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_atp_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_atp_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_atp_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_adp_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_adp_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_adp_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_adp_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_h_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_h_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pi_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_pi_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pi_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_pi_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pyr_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_pyr_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pyr_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_pyr_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,<=,0 +TR_nad_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_nad_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,<=,0 +TR_nad_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,-1000,,<=,0 +TR_nad_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,<=,0 +TR_glc_D_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,-1000,,<=,0 +TR_glc_D_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,<=,0 +TR_glc_D_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,-1000,,<=,0 +TR_glc_D_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,<=,0 +D_nadh_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,-1000,,<=,0 +D_nadh_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,<=,0 +D_nadh_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,-1000,,<=,0 +D_nadh_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,<=,0 +FlxSum,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1000,,<=,0 +ObjPrior,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +RG_21,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,-1,<=,0 +RG_21,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,8.3387,,-1,<=,0 +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +LB,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0001,0,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +UB,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +Obj,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,0,0,-25.4694,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +y,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, diff --git a/FalconProblem2.csv b/FalconProblem2.csv new file mode 100644 index 0000000..c10b7dc --- /dev/null +++ b/FalconProblem2.csv @@ -0,0 +1,159 @@ +,ENO_f,ENO_b,EX_adp_f,EX_adp_b,EX_atp(e)_f,EX_atp(e)_b,EX_glc(e)_f,EX_glc(e)_b,EX_h(e)_f,EX_h(e)_b,EX_nad(e)_f,EX_nad(e)_b,EX_pi(e)_f,EX_pi(e)_b,EX_pyr(e)_f,EX_pyr(e)_b,FBA_f,FBA_b,GAPD_f,GAPD_b,HEX1,PFK_f,PFK_b,PGI_f,PGI_b,PGK_f,PGK_b,PGM_f,PGM_b,PYK_f,PYK_b,TPI_f,TPI_b,TR_h2o_f,TR_h2o_b,TR_atp_f,TR_atp_b,TR_adp_f,TR_adp_b,TR_h_f,TR_h_b,TR_pi_f,TR_pi_b,TR_pyr_f,TR_pyr_b,TR_nad_f,TR_nad_b,TR_glc_D_f,TR_glc_D_b,D_nadh_f,D_nadh_b,n,z,t_1,t_17,t_19,t_21,t_22,t_24,t_26,t_28,t_30,t_32,csens,b +h2o[c],1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +atp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,1,,,-1,1,,,1,-1,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +adp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,-1,,,1,-1,,,-1,1,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +h[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,1,1,-1,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pi[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pyr[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +nad[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +nadh[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,=,0 +h[e],,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pep[c],1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +13dpg[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +3pg[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +dhap[c],,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +glc_D[e],,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +atp[e],,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pi[e],,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +adp[e],,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +glc_D[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +g3p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,1,-1,-1,1,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +2pg[c],-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +nad[e],,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +pyr[e],,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +fdp[c],,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +f6p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,1,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +g6p[c],,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,=,0 +LFP unitary,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,=,1 +ENO_f:U,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,,,,,,,,,,<=,0 +ENO_f:L,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,,,,,,,,,,,<=,0 +ENO_b:U,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +ENO_b:L,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_adp_f:U,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_adp_f:L,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_adp_b:U,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_adp_b:L,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_atp(e)_f:U,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_atp(e)_f:L,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_atp(e)_b:U,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_atp(e)_b:L,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_glc(e)_f:U,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_glc(e)_f:L,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_glc(e)_b:U,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_glc(e)_b:L,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_h(e)_f:U,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_h(e)_f:L,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_h(e)_b:U,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_h(e)_b:L,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_nad(e)_f:U,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_nad(e)_f:L,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_nad(e)_b:U,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_nad(e)_b:L,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pi(e)_f:U,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pi(e)_f:L,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pi(e)_b:U,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pi(e)_b:L,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pyr(e)_f:U,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pyr(e)_f:L,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pyr(e)_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +EX_pyr(e)_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +FBA_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,,,,,,,,,,<=,0 +FBA_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,,,,,,,,,,<=,0 +FBA_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +FBA_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +GAPD_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,,,,,,,,,,<=,0 +GAPD_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,,,,,,,,,,<=,0 +GAPD_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +GAPD_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +HEX1:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,,,,,,,,,,,<=,0 +HEX1:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,,,,,,,,,,,<=,0 +PFK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,,,,,,,,,,<=,0 +PFK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,,,,,,,,,,<=,0 +PFK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PFK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGI_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGI_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGI_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGI_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGM_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGM_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGM_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,,,,,,,,,,<=,0 +PGM_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,,,,,,,,,,<=,0 +PYK_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,,,,,,,,,,<=,0 +PYK_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,,,,,,,,,,<=,0 +PYK_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +PYK_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TPI_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,,,,,,,,,,<=,0 +TPI_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,,,,,,,,,,<=,0 +TPI_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TPI_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h2o_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h2o_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h2o_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h2o_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_atp_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_atp_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_atp_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_atp_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_adp_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_adp_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_adp_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_adp_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_h_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pi_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pi_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pi_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pi_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pyr_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pyr_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pyr_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_pyr_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_nad_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_nad_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_nad_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_nad_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_glc_D_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_glc_D_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_glc_D_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +TR_glc_D_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +D_nadh_f:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,-1000,,,,,,,,,,,<=,0 +D_nadh_f:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +D_nadh_b:U,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,<=,0 +D_nadh_b:L,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,<=,0 +FlxSum,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,19000,,,,,,,,,,,<=,0 +ObjPrior,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,<=,0 +RG_1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-58.2287,,-1,,,,,,,,,,<=,0 +RG_1,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,58.2287,,-1,,,,,,,,,,<=,0 +RG_17,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-60.8555,,,-1,,,,,,,,,<=,0 +RG_17,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,60.8555,,,-1,,,,,,,,,<=,0 +RG_19,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-135.119,,,,-1,,,,,,,,<=,0 +RG_19,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,135.119,,,,-1,,,,,,,,<=,0 +RG_21,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-8.3387,,,,,-1,,,,,,,<=,0 +RG_21,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,8.3387,,,,,-1,,,,,,,<=,0 +RG_22,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-29.9537,,,,,,-1,,,,,,<=,0 +RG_22,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,29.9537,,,,,,-1,,,,,,<=,0 +RG_24,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-31.6815,,,,,,,-1,,,,,<=,0 +RG_24,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,31.6815,,,,,,,-1,,,,,<=,0 +RG_26,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-35.9307,,,,,,,,-1,,,,<=,0 +RG_26,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,35.9307,,,,,,,,-1,,,,<=,0 +RG_28,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-18.8688,,,,,,,,,-1,,,<=,0 +RG_28,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,18.8688,,,,,,,,,-1,,,<=,0 +RG_30,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-61.6228,,,,,,,,,,-1,,<=,0 +RG_30,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,61.6228,,,,,,,,,,-1,,<=,0 +RG_32,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-63.5701,,,,,,,,,,,-1,<=,0 +RG_32,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,63.5701,,,,,,,,,,,-1,<=,0 +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +LB,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0001,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +UB,Inf,0,0,Inf,Inf,0,0,Inf,Inf,0,0,Inf,0,Inf,Inf,0,Inf,0,Inf,0,Inf,Inf,0,Inf,0,0,Inf,0,Inf,Inf,0,Inf,0,0,Inf,0,Inf,Inf,0,0,Inf,Inf,0,0,Inf,Inf,0,Inf,0,Inf,0,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,Inf,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +Obj,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,-0.01,0,0,-32.8808,-32.8808,-40.2706,-25.4694,-32.8808,-56.9513,-32.8808,-32.8808,-32.8808,-56.9513,, +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, +y,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, diff --git a/analysis/nci60/makeBarGraph.m b/analysis/nci60/makeBarGraph.m index 9488f20..8fe1b10 100644 --- a/analysis/nci60/makeBarGraph.m +++ b/analysis/nci60/makeBarGraph.m @@ -1,5 +1,6 @@ function makeBarGraph(x,y,xTicks,xTickLabels,yLims,aTitle,saveLoc) figure('Position',[300, 300, 2000, 500],'Visible','off'); +set(gcf,'PaperPositionMode','auto'); a=bar(x,y,0.5); set(gca,'XTickLabel',xTickLabels); set(gca,'XTick',xTicks); diff --git a/analysis/nci60/makeReducedModel.m b/analysis/nci60/makeReducedModel.m new file mode 100644 index 0000000..a6b8b17 --- /dev/null +++ b/analysis/nci60/makeReducedModel.m @@ -0,0 +1,148 @@ +function reducedModel=makeReducedModel(model) +%reducedModel=extractSubNetwork(model,{'HEX1','PGI','PFK','FBA','TPI','GAPD','PGK','PGM','ENO','PYK',model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Exchange/demand reaction')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Transport, extracellular')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Transport, mitochondrial')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Citric acid cycle')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Oxidative phosphorylation')}}); +%reducedModel=extractSubNetwork(model,{model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Glycolysis/gluconeogenesis')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Exchange/demand reaction')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Transport, extracellular')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Transport, mitochondrial')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Citric acid cycle')},model.rxns{strcmp(model.subSystems,'Oxidative phosphorylation')}}); + +curatedRxnNames={'HEX1','PGI','PFK','FBA','TPI','GAPD','PGK','PGM','ENO','PYK','LDH_L','G6PDH2c','G6PDH2r','PGL','PGLc','GND','GNDc','RPI','RPE','RPEc','TALA','TKT1','TKT2','PRPPS','GLUPRT','PRAGSr','GARFT','PRFGS','r0666','AIRCr','PRASCS','ADSL2','AICART','IMPC','PYRt2m'}; + +simpleGlycolysisRxnNames=curatedRxnNames; +glycolysisRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Glycolysis/gluconeogenesis')); +pentosePhosphateRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Pentose phosphate pathway')); +purineSynthesisRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Purine synthesis')); +citricAcidCycleRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Citric acid cycle')); +oxidativePhosphorylationRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Oxidative phosphorylation')); +exchangeDemandRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Exchange/demand reactions')); +transportRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Transport, mitochondrial')); +simpleGlycolysisRxnNames=[glycolysisRxnNames; pentosePhosphateRxnNames; purineSynthesisRxnNames; transportRxnNames; oxidativePhosphorylationRxnNames; citricAcidCycleRxnNames];%; exchangeDemandRxnNames];%; simpleGlycolysisRxnNames'] +disp(transportRxnNames{257}); +selRxns = ismember(model.rxns,simpleGlycolysisRxnNames); +subS = model.S(:,selRxns); +if (nargin < 3) + selMets = ~all(subS == 0,2); +else + selMets = ismember(model.mets,metNames); +end + +subS = subS(selMets,:); + +subModel.S = subS; +subModel.rxns = model.rxns(selRxns); +subModel.mets = model.mets(selMets); +if (isfield(model,'b')) + subModel.b = model.b(selMets); +end +if (isfield(model,'metNames')) + subModel.metNames = model.metNames(selMets); +end +if (isfield(model,'metFormulas')) + subModel.metFormulas = model.metFormulas(selMets); +end +if (isfield(model,'description')) + subModel.description = model.description; +end +if (isfield(model,'rev')) + subModel.rev = model.rev(selRxns); +end +if (isfield(model,'lb')) + subModel.lb = model.lb(selRxns); +end +if (isfield(model,'ub')) + subModel.ub = model.ub(selRxns); +end +if (isfield(model,'c')) + subModel.c = model.c(selRxns); +end +if (isfield(model,'genes')) + newRxnGeneMat = model.rxnGeneMat(selRxns,:); + selGenes = sum(newRxnGeneMat)' > 0; + subModel.rxnGeneMat = newRxnGeneMat(:,selGenes); + subModel.genes = model.genes(selGenes); + subModel.grRules = model.grRules(selRxns); + subModel.rules = model.rules(selRxns); +end +if (isfield(model,'geneNames')) + subModel.geneNameRules = model.geneNameRules(selRxns); + subModel.geneNames = model.geneNames(selGenes); +end +if (isfield(model,'subSystems')) + subModel.subSystems = model.subSystems(selRxns); +end +if(isfield(model,'rxnNames')) + subModel.rxnNames=model.rxnNames(selRxns); +end +if isfield(model,'reversibleModel') + subModel.reversibleModel=model.reversibleModel; +end + +reducedModel=subModel; +transportMets={'h2o[c]','h[c]','pi[c]','lac_L[c]','glc_D[c]','co2[c]','gln_L[c]','glu_L[c]','gly[c]','asp_L[c]','nadp[c]','nadph[c]','atp[c]','adp[c]','amp[c]','ppi[c]','10fthf[c]','thf[c]','fum[c]','imp[c]'}; +transportRxns={}; + +%pentosePhosphateRxnNames={'PGL','PGLc','GND','GNDc','RPI','RPE','RPEc','TALA','TKT1','TKT2','PRPPS','GLUPRT','PRAGSr','GARFT','PRFGS','r0666','AIRCr','PRASCS','ADSL2','AICART','IMPC','PYRt2m'}; + +for i=1:length(reducedModel.rxns) + if(sum(strcmp(reducedModel.rxns{i},pentosePhosphateRxnNames))~=0) + %reducedModel.rev(i)=1; + %reducedModel.lb(i)=-1000; + %reducedModel.ub(i)=1000; + end + %reducedModel.rev(i)=1; + %reducedModel.lb(i)=-1000; + %reducedModel.ub(i)=1000; + if(strcmp(reducedModel.rxns{i},'PYK')) + reducedModel.lb(i)=1; + reducedModel.ub(i)=1000; + reducedModel.rev(i)=0; + end + if(strcmp(reducedModel.rxns{i},'IMPC')) + reducedModel.lb(i)=-1000; + reducedModel.ub(i)=-1; + reducedModel.rev(i)=0; + end +end + +for i=1:length(reducedModel.mets) + %internalMet=[reducedModel.mets{i} '[c]']; + %externalMet=[reducedModel.mets{i} '[e]']; + %internalIdx=strcmp(reducedModel.mets,internalMet); + %externalIdx=strcmp(reducedModel.mets,externalMet); + internalIdx=i; + noConsumingReaction=sum(reducedModel.S(internalIdx,:)<0)==0; + noProducingReaction=sum(reducedModel.S(internalIdx,:)>0)==0; + %noConsumingReaction + %if((noProducingReaction && noConsumingReaction) || sum(strcmp([reducedModel.mets{i}],transportMets))~=0) + if(sum(strcmp([reducedModel.mets{i}],transportMets))~=0) + reducedModel.rxns{end+1}=['TR_' reducedModel.mets{i}]; + reducedModel.S(internalIdx,end+1)=1; + %reducedModel.S(externalIdx,end)=-1; + reducedModel.rev(end+1)=1; + reducedModel.lb(end+1)=-10000; + reducedModel.ub(end+1)=10000; + reducedModel.c(end+1)=0; + reducedModel.rxnGeneMat(end+1,:)=zeros(1,size(reducedModel.rxnGeneMat,2)); + reducedModel.grRules{end+1}=''; + reducedModel.subSystems{end+1}=''; + reducedModel.rxnNames{end+1}=''; + reducedModel.rules{end+1}=''; + end +end + + + +if(0) +reducedModel.rxns{end+1}='D_nadh'; +internalMet='nadh[c]'; +%externalMet=[transportMets{i} '[e]']; +internalIdx=strcmp(reducedModel.mets,internalMet); +%externalIdx=strcmp(reducedModel.mets,externalMet); +reducedModel.S(internalIdx,end+1)=-1; +%reducedModel.S(externalIdx,end)=-1; +reducedModel.rev(end+1)=1; +reducedModel.lb(end+1)=-1000; +reducedModel.ub(end+1)=1000; +reducedModel.c(end+1)=0; +reducedModel.rxnGeneMat(end+1,:)=zeros(1,size(reducedModel.rxnGeneMat,2)); +reducedModel.grRules{end+1}=''; +reducedModel.subSystems{end+1}=''; +reducedModel.rxnNames{end+1}=''; +reducedModel.rules{end+1}=''; +end \ No newline at end of file diff --git a/analysis/nci60/runFalcon.m b/analysis/nci60/runFalcon.m index 2d2495a..e3fd55b 100644 --- a/analysis/nci60/runFalcon.m +++ b/analysis/nci60/runFalcon.m @@ -31,9 +31,39 @@ end [modelIrrev, matchRev, rev2irrev, irrev2rev] = convertToIrreversible(model); + [rxn_exp, rxn_exp_sd, rxn_rule_group] = ... computeMinDisj(modelIrrev, expressionFile); [v_solirrev corral]= falcon(modelIrrev, rxn_exp, rxn_exp_sd, ... rxn_rule_group, rc, 0, EXPCON, FDEBUG); +for i=1:length(modelIrrev.rxns) + %disp([modelIrrev.rxns{i} ' ' num2str(v_solirrev(i))]); +end v_solrev = convertIrrevFluxDistribution(v_solirrev, matchRev); + +curatedRxnNames={'HEX1','PGI','PFK','FBA','TPI','GAPD','PGK','PGM','ENO','PYK','LDH_L','G6PDH2c','G6PDH2r','PGL','PGLc','GND','GNDc','RPI','RPE','RPEc','TALA','TKT1','TKT2','PRPPS','GLUPRT','PRAGSr','GARFT','PRFGS','r0666','AIRCr','PRASCS','ADSL2','AICART','IMPC'}; +glycolysisRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Glycolysis/gluconeogenesis')); +pentosePhosphateRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Pentose phosphate pathway')); +purineSynthesisRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Purine synthesis')); +citricAcidCycleRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Citric acid cycle')); +oxidativePhosphorylationRxnNames=model.rxns(strcmp(model.subSystems,'Oxidative phosphorylation')); +curatedRxnNames=[glycolysisRxnNames; pentosePhosphateRxnNames; purineSynthesisRxnNames; oxidativePhosphorylationRxnNames; citricAcidCycleRxnNames]; +curatedRxnFluxes=zeros(1,length(curatedRxnNames)); +outputFI=fopen('../rxnsToShow.txt','w'); +for i=1:length(model.rxns) + curatedRxnIdx=find(strcmp(model.rxns{i},curatedRxnNames)); + if(sum(strcmp(model.rxns{i},curatedRxnNames))~=0) + disp([model.rxns{i} ' ' num2str(v_solrev(i))]); + end + if(sum(strcmp(model.rxns{i},curatedRxnNames))==0 && abs(v_solrev(i))>0 && sum(strfind(model.rxns{i},'TR_'))==0) + %disp([model.rxns{i} ' ' num2str(v_solrev(i))]); + %fprintf(outputFI,'%s\n',model.rxns{i}); + end + curatedRxnFluxes(curatedRxnIdx)=v_solrev(i); + if(sum(strfind(model.rxns{i},'TR_'))~=0) + disp([model.rxns{i} ' ' num2str(v_solrev(i))]); + end +end + +%makeBarGraph(1:length(curatedRxnNames),curatedRxnFluxes,1:length(curatedRxnNames),curatedRxnNames,[-1000 1000],'curatedRxnFluxes','../curatedRxnFluxes.png'); \ No newline at end of file diff --git a/analysis/nci60/runPaint4Net.m b/analysis/nci60/runPaint4Net.m new file mode 100644 index 0000000..c20e11d --- /dev/null +++ b/analysis/nci60/runPaint4Net.m @@ -0,0 +1,10 @@ +inputFI=fopen('../rxnsToShow.txt'); +line=fgetl(inputFI); +rxnsToShow={}; +k=0; +while line~=-1 + k=k+1; + rxnsToShow{k}=line; + line=fgetl(inputFI); +end +draw_by_rxn(model,rxnsToShow,'true'); \ No newline at end of file diff --git a/falcon.m b/falcon.m index 0ea2c7e..b324f7b 100644 --- a/falcon.m +++ b/falcon.m @@ -2,7 +2,6 @@ falcon(m, r, r_sd, r_group, rc, minFit, EXPCON, FDEBUG) TESTING = false; - % If true, allow S*v >= 0 instead of S*v == 0. MASSPROD = false; @@ -118,13 +117,12 @@ flux_sum = sum(~boundsRev & notnan_r)*minUB; %flux_sum = min(m.ub(m.ub > 0)) / 2 if flux_sum == 0 - flux_sum = mean(m.ub(m.ub > 0))/2 + flux_sum = mean(m.ub(m.ub > 0))/2; end if FDEBUG flux_sum end - % Typically required to be >= 0, we can require strict positivity % due to having non-affine in our LFP. ZMIN = 0.0001; @@ -143,6 +141,8 @@ r_pri_max = max(r); r = flux_sum * r / r_sum; r_sd = flux_sum * r_sd / r_sum; +%r = r / r_sum; +%r_sd = r_sd / r_sum; if FDEBUG disp('Sum new r:'); disp(sum(r(notnan_r))); @@ -230,7 +230,7 @@ f(s2 + 1) = 0; f(s2 + 2) = 0; s2 = s2 + 2; - + %Add unitary constraint for denominator (see B&V 4.32). csense(s1 + 1) = 'E'; N(s1 + 1, nrxns + 1) = 1; @@ -316,6 +316,10 @@ else cons1 = r_group_cons(r_group(k)); end + %k + %~boundsRev(k) + %~isnan(r(k)) + %s>0 if ~boundsRev(k) && ~isnan(r(k)) && s > 0 %(s > 0 should always be true anyway) if first_r_group_visited <= 0 first_r_group_visited = r_group(k); @@ -442,7 +446,6 @@ end end % of if 1/0 - if FDEBUG disp('fOpt, n, z:'); disp([fOpt v(nrxns + 1) v(nrxns + 1)]); diff --git a/pathdef.m b/pathdef.m new file mode 100644 index 0000000..32f07b2 --- /dev/null +++ b/pathdef.m @@ -0,0 +1,693 @@ +function p = pathdef +%PATHDEF Search path defaults. +% PATHDEF returns a string that can be used as input to MATLABPATH +% in order to set the path. + + +% Copyright 1984-2007 The MathWorks, Inc. +% $Revision: 1.4.2.2 $ $Date: 2007/06/07 14:45:14 $ + + +% DO NOT MODIFY THIS FILE. IT IS AN AUTOGENERATED FILE. +% EDITING MAY CAUSE THE FILE TO BECOME UNREADABLE TO +% THE PATHTOOL AND THE INSTALLER. + +p = [... +%%% BEGIN ENTRIES %%% + '/home/yiping/FALCON/utils/recon2:', ... + '/home/yiping/FALCON/utils:', ... + '/usr/local/lib:', ... + '/home/yiping/cobra/tools:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testpFBA:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testTissueModel:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testSolvers/testNLPscripts:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testSolvers:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testSampling:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testSBML:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testRobustnessAnalysis:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testOptKnock:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testModelManipulation:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testMaps:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testMOMA:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testGrowthExpMatch:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testGDLS:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testFVA:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testFBA:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testElementalBalance:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testDeletionStudy:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testC13Fitting:', ... + '/home/yiping/cobra/testing/testBuildMPS:', ... + '/home/yiping/cobra/testing:', ... + '/home/yiping/cobra/solvers:', ... + '/home/yiping/cobra/sampling:', ... + '/home/yiping/cobra/reconstruction/mass_balance/basicPhysicochemicalData:', ... + '/home/yiping/cobra/reconstruction/mass_balance:', ... + '/home/yiping/cobra/reconstruction:', ... + '/home/yiping/cobra/rFBA:', ... + '/home/yiping/cobra/maps/tools:', ... + '/home/yiping/cobra/maps:', ... + '/home/yiping/cobra/io:', ... + '/home/yiping/cobra/gapFilling/growthExpMatch:', ... + '/home/yiping/cobra/gapFilling/KEGG:', ... + '/home/yiping/cobra/gapFilling:', ... + '/home/yiping/cobra/fluxomics/c13solver:', ... + '/home/yiping/cobra/fluxomics:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/glpkmex:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/test/test-data:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/Validate_MATLAB_SBML_Structures/test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/Validate_MATLAB_SBML_Structures:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/MATLAB_SBML_Structures/test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/MATLAB_SBML_Structures/structFieldnames:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/MATLAB_SBML_Structures/Objective:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/MATLAB_SBML_Structures/FluxObjective:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/MATLAB_SBML_Structures/FluxBound:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/MATLAB_SBML_Structures/FBCSpecies:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/MATLAB_SBML_Structures/FBCModel:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package/MATLAB_SBML_Structures:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/fbc_package:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/Validate_MATLAB_SBML_Structures/Test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/Validate_MATLAB_SBML_Structures:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/Test/test-data:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/Test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/Simulation/Test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/Simulation:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/structFieldnames:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/UnitDefinition:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Unit:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Trigger:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/StoichiometryMath:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/SpeciesType:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/SpeciesReference:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/SpeciesConcentrationRule:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Species:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Rule:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Reaction:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/RateRule:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Priority:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/ParameterRule:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Parameter:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/ModifierSpeciesReference:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Model:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/LocalParameter:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/KineticLaw:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/InitialAssignment:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/FunctionDefinition:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/EventAssignment:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Event:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Delay:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Constraint:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/CompartmentVolumeRule:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/CompartmentType:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/Compartment:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/AssignmentRule:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions/AlgebraicRule:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/MATLAB_SBML_Structure_Functions:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/Convenience/Test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/Convenience:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/AccessModel/Test:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox/AccessModel:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0/toolbox:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes/SBMLToolbox-4.1.0:', ... + '/home/yiping/cobra/external/toolboxes:', ... + '/home/yiping/cobra/external/BuildMPS:', ... + '/home/yiping/cobra/external:', ... + '/home/yiping/cobra/design:', ... + '/home/yiping/cobra:', ... + '/home/yiping/FALCON/analysis/nci60:', ... + '/home/yiping/FALCON/analysis:', ... + '/home/yiping/FALCON:', ... + '/home/yiping/WholeCell:', ... + '/home/yiping/Paint4Net v1.3/Draw_by_rxn:', ... + '/home/yiping/Paint4Net v1.3/Draw_by_met:', ... + '/home/yiping/libSBML-5.8.0-Source/src/bindings/matlab:', ... + '/home/yiping/gurobi550/linux64/matlab:', ... + '/home/yiping:', ... + matlabroot,'/toolbox/coder/matlabcoder:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/general:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/ops:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/lang:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/elmat:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/randfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/elfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/specfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/matfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/datafun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/polyfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/funfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/sparfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/scribe:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/graph2d:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/graph3d:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/specgraph:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/graphics:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/uitools:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/strfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/imagesci:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/iofun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/audiovideo:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/timefun:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/datatypes:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/verctrl:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/codetools:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/helptools:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/demos:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/timeseries:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/hds:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/guide:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/plottools:', ... + matlabroot,'/toolbox/local:', ... + matlabroot,'/toolbox/matlab/datamanager:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/simulink:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/instrument:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/blocks/library:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/blocks/obsolete:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/accel:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simdemos/aerospace:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simdemos/automotive:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simdemos/industrial:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simdemos/simfeatures:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simdemos/simgeneral:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simulink:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simulink/slresolve:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/blocks:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/components:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/fixedandfloat:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/fixedandfloat/obsolete:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/dee:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/glue:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/glue/studio:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/dastudio/depviewer:', ... + matlabroot,'/toolbox/stateflow/stateflow:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simulink/MPlayIO:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simulink/dataobjectwizard:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/hdlshared:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/fixedandfloat/fxpdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/rtw:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/asap2/asap2:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/asap2/asap2/user:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/common/can/blocks:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/common/tgtcommon:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/connectivity:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/pil:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/shared:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/rtw/datadiff/GUI:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/rtw/datadiff/GUI/Icons:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/rtw/datadiff/API:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/rtw/cgv/API:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/rtw/misra:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulinkcoder:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simulink/modeladvisor:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/simulink/modeladvisor/fixpt:', ... + matlabroot,'/toolbox/stateflow/sfdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/stateflow/coder:', ... + matlabroot,'/toolbox/database/database:', ... + matlabroot,'/toolbox/database/dbdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/database/vqb:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/eda/edagraph:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/testmeaslib/graphics:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/network_engine/ne_support:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/network_engine/network_engine:', ... + matlabroot,'/toolbox/hdlfilter/hdlfilter:', ... + matlabroot,'/toolbox/hdlfilter/hdlfiltdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/finfixed/finfixed:', ... + matlabroot,'/toolbox/finfixed/finfixdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/sl3d/sl3ddemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rf/rf:', ... + matlabroot,'/toolbox/rf/rfdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rf/rftool:', ... + matlabroot,'/toolbox/simbio/simbio:', ... + matlabroot,'/toolbox/simbio/simbiodemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/statslib:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/gl/core/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/curvefit/curvefit:', ... + matlabroot,'/toolbox/curvefit/splines:', ... + matlabroot,'/toolbox/curvefit/cftoolgui:', ... + matlabroot,'/toolbox/curvefit/sftoolgui:', ... + matlabroot,'/toolbox/curvefit/curvefitdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/optimlib:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/ne_sli/ne_sli:', ... + matlabroot,'/toolbox/aeroblks/aeroblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/worker:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/sh/shdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sldo:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sldoguis:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sldodemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sldodemos/optim:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sldodemos/estim:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sldodemos/estim/docexamples/adaptive:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sldodemos/estim/docexamples/lookuptable:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sloptim/sloptim:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sloptim/sloptguis:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/sloptim/sloptobsolete:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/slestim/slestguis:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/slestim/slestim:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/slestim/slestmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldo/slestim/slestutil:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/equation_language/equation_language:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/ecoder:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/ecoder/ecoderdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpt:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpt/mpt:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpt/user_specific:', ... + matlabroot,'/toolbox/embeddedcoder:', ... + matlabroot,'/toolbox/rptgen/xmlcomp:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/elec/elec:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/sldv:', ... + matlabroot,'/toolbox/fuzzy/fuzzy:', ... + matlabroot,'/toolbox/fuzzy/fuzdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/fuzzy/fuzzyutil:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/eda/fil/fildemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/des/desblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/des/desmasks:', ... + matlabroot,'/toolbox/des/desmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/des/desdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ghsmulti:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ghsmulti/multidemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ghsmulti/mdlinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ghsmulti/multiblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ghsmulti/tfl:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ghsmulti/rtw:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/mapgeodesy:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/engine/mli/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simulation/base/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/pmir/pmir:', ... + matlabroot,'/toolbox/wavelet/wavelet:', ... + matlabroot,'/toolbox/wavelet/wmultisig1d:', ... + matlabroot,'/toolbox/wavelet/wavedemo:', ... + matlabroot,'/toolbox/wavelet/compression:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldv/sldv:', ... + matlabroot,'/toolbox/sldv/sldvdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/pde:', ... + matlabroot,'/toolbox/pde/pdedemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/stats/stats:', ... + matlabroot,'/toolbox/stats/statsdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/stats/classreg:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/elec/elecdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/testmeaslib/general:', ... + matlabroot,'/toolbox/instrument/instrument:', ... + matlabroot,'/toolbox/instrument/instrumentdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/instrument/instrumentblks/instrumentblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/instrument/instrumentblks/instrumentmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/instrument/instrumentblks/instrumentmasks:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/data_manager/data_manager:', ... + matlabroot,'/toolbox/geoweb/geoweb:', ... + matlabroot,'/toolbox/phased/phased:', ... + matlabroot,'/toolbox/phased/phaseddemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/siglib:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/system:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/maputils:', ... + matlabroot,'/toolbox/datafeed/datafeed:', ... + matlabroot,'/toolbox/datafeed/dfgui:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/extensions/fpgaautomation/fpgademos:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/logging/mli/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/controllib/requirements:', ... + matlabroot,'/toolbox/coder/emlcodermex:', ... + matlabroot,'/toolbox/javabuilder/javabuilder:', ... + matlabroot,'/toolbox/javabuilder/javabuilderdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rptgen/rptgendemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/mech/mechdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/fixedpoint/fixedpoint:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/engine/core/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/sam/m3i:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/powersys/powersys:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/powersys/DR/DR:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/powersys/drives/drives:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/powersys/facts/facts:', ... + matlabroot,'/toolbox/aero/astdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/tasking/tasking:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/tasking/taskingdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/tasking/tasking/taskingblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/c166/c166:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/c166/blocks:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/c166/c166demos:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/foundation/utils/resource_config:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/sh/sh:', ... + matlabroot,'/toolbox/fixpoint:', ... + matlabroot,'/toolbox/fixpoint/fpca:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/edalink:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/foundation/hdllink:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/extensions/modelsim/modelsim:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/extensions/modelsim/modelsimdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/extensions/incisive/incisive:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/extensions/incisive/incisivedemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/extensions/discovery/discovery:', ... + matlabroot,'/toolbox/edalink/extensions/discovery/discoverydemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/tlmgenerator/foundation:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/tlmgenerator/foundation/rtw:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/tlmgenerator/foundation/tlmgeneratordemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpc555dk:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpc555dk/common/configuration:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpc555dk/mpc555demos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpc555dk/mpc555dk:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpc555dk/pil:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpc555dk/rt/blockset/mfiles:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/mpc555dk/rt/blockset:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/comparisons:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/engine/sli/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/targets/AUTOSAR/AUTOSAR:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/pm_sli/pm_sli:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/eda/fil:', ... + matlabroot,'/toolbox/fixedpoint/fidemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/fixedpoint/fixedpointtool:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/spcuilib:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/sdl/sdldemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/images/colorspaces:', ... + matlabroot,'/toolbox/images/images:', ... + matlabroot,'/toolbox/images/imdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/images/imuitools:', ... + matlabroot,'/toolbox/images/iptformats:', ... + matlabroot,'/toolbox/images/iptutils:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/imageslib:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/compiler/core/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/rptgenext/rptgenext:', ... + matlabroot,'/toolbox/rptgenext/rptgenextv1:', ... + matlabroot,'/toolbox/qualkits/iec:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/simscape/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/globaloptim:', ... + matlabroot,'/toolbox/globaloptim/globaloptim:', ... + matlabroot,'/toolbox/globaloptim/globaloptimdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/foundation/simscape:', ... + matlabroot,'/toolbox/simulink/blocks/sb2sl:', ... + matlabroot,'/toolbox/comm/comm:', ... + matlabroot,'/toolbox/comm/commutilities/comminit:', ... + matlabroot,'/toolbox/comm/commutilities/commmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/comm/commutilities:', ... + matlabroot,'/toolbox/comm/commdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/comm/commdeprecated:', ... + matlabroot,'/help/toolbox/comm/examples:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/testconsole:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic5000:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic5000/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic5000/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic5000/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic5000/tic5000demos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/can:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/can/canblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/can/canmasks:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/can/canmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/sl3d/sl3d:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/asynciolib:', ... + matlabroot,'/toolbox/symbolic/symbolic:', ... + matlabroot,'/toolbox/symbolic/symbolicdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/eml/eml:', ... + matlabroot,'/toolbox/control/control:', ... + matlabroot,'/toolbox/control/ctrlguis:', ... + matlabroot,'/toolbox/control/ctrlobsolete:', ... + matlabroot,'/toolbox/control/ctrlutil:', ... + matlabroot,'/toolbox/control/ctrldemos:', ... + matlabroot,'/help/toolbox/control/examples:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/eda/fpgaautomation:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/controllib/general:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/gl/sli/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/dsp/dsp:', ... + matlabroot,'/toolbox/dsp/dsputilities:', ... + matlabroot,'/toolbox/dsp/dsputilities/dspinit:', ... + matlabroot,'/toolbox/dsp/dsputilities/dspmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/dsp/dspdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/filterdesignlib:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/dspblks/dspblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/dspblks/dspmex:', ... + matlabroot,'/help/toolbox/dsp/examples:', ... + matlabroot,'/toolbox/dsp/filterdesign:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/sdl/sdl:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/sdl/classic:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/slvnv:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nncontrol:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nndemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nndemos/nndatasets:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnadapt:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nndatafun:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnderivative:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nndistance:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nndivision:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nninitlayer:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nninitnetwork:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nninitweight:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnlearn:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnnetfun:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnnetinput:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnnetwork:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnperformance:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnplot:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnprocess:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnsearch:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nntopology:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nntrain:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nntransfer:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnet/nnweight:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnguis:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnobsolete:', ... + matlabroot,'/toolbox/nnet/nnutils:', ... + matlabroot,'/toolbox/compiler:', ... + matlabroot,'/toolbox/compiler/compilerdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/iec61508:', ... + matlabroot,'/toolbox/ident/ident:', ... + matlabroot,'/toolbox/ident/nlident:', ... + matlabroot,'/toolbox/ident/idobsolete:', ... + matlabroot,'/toolbox/ident/idguis:', ... + matlabroot,'/toolbox/ident/idutils:', ... + matlabroot,'/toolbox/ident/iddemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/ident/iddemos/examples:', ... + matlabroot,'/toolbox/ident/idhelp:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/eml/eml:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/styleguide:', ... + matlabroot,'/toolbox/finderiv/finderiv:', ... + matlabroot,'/toolbox/finderiv/finderivdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rptgenext/rptgenextdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/signal/signal:', ... + matlabroot,'/toolbox/signal/sigtools:', ... + matlabroot,'/toolbox/signal/sptoolgui:', ... + matlabroot,'/toolbox/signal/sigdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/adivdsp:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/adivdsp/vdspdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/adivdsp/mdlinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/adivdsp/tfl:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/adivdsp/vdspblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/adivdsp/rtw:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/controllib/engine:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/controllib/engine/options:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/controllib/engine/optim:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/compiler/sli/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/rptgenext/slxmlcomp:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/unit_manager/unit_manager:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/logging/base/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/rfblks/rfblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/rfblks/rfblksmasks:', ... + matlabroot,'/toolbox/rfblks/rfblksmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/rfblks/rfblksdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/optim/optim:', ... + matlabroot,'/toolbox/optim/optimdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/drive/drive:', ... + matlabroot,'/toolbox/target:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/targetdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/foundation:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/foundation/utils:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/foundation/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/foundation/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/foundation/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic2000:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic2000/rtw:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic2000/utils:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic2000/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic2000/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic2000/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic2000/tic2000demos:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000/rtw:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000/tfl:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000/utils:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000/blks/sysobj_mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/tic6000/tic6000demos:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/linux/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/linux/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/linux/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/linux/src:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/vxworks/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/vxworks/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/vxworks/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/vxworks/src:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/windows/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/windows/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/operatingsystem/windows/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/intelhost/tfl:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/shared:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/shared/ti:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/shared/ti/mdlinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/shared/ti/utils:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/shared/ti/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/shared/ti/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/shared/ti/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/errorhandler:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/etargets/etargets:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/etargets/etargets/demoutils:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/testmeaslib:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/simscapedemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/drive/drivedemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/pm_visimpl/pm_visimpl:', ... + matlabroot,'/toolbox/aeroblks/aerodemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/aeroblks/aerodemos/texture:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/cgir_fe:', ... + matlabroot,'/toolbox/imaq/imaq:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/imaqlib:', ... + matlabroot,'/toolbox/imaq/imaqdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/imaq/imaqblks/imaqblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/imaq/imaqblks/imaqmasks:', ... + matlabroot,'/toolbox/imaq/imaqblks/imaqmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/rptgen/rptgen:', ... + matlabroot,'/toolbox/rptgen/rptgenv1:', ... + matlabroot,'/toolbox/aero/aero:', ... + matlabroot,'/toolbox/slcontrol/slcontrol:', ... + matlabroot,'/toolbox/slcontrol/slctrlguis:', ... + matlabroot,'/toolbox/slcontrol/slctrlutil:', ... + matlabroot,'/toolbox/slcontrol/slctrldemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/slcontrol/slctrlobsolete:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/mech/mech:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/mech/importer:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/coder_foundation/tfl:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/simtargets:', ... + matlabroot,'/toolbox/robust/robust:', ... + matlabroot,'/toolbox/robust/rctlmi:', ... + matlabroot,'/toolbox/robust/rctutil:', ... + matlabroot,'/toolbox/robust/rctdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/robust/rctobsolete/robust:', ... + matlabroot,'/toolbox/robust/rctobsolete/lmi:', ... + matlabroot,'/toolbox/robust/rctobsolete/mutools/commands:', ... + matlabroot,'/toolbox/robust/rctobsolete/mutools/subs:', ... + matlabroot,'/toolbox/qualkits/do:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/testmeaslib/simulink:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/iarew:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/iarew/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/iarew/iarewdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/iarew/mdlinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/iarew/templates:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/reqmgt:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/slvnv:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/rmidemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/ccsblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/ccsdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/ccsdemos/util:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/ccslinkblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/ccslinkblks/rtdxsimblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/lic:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/mdlinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/tfl:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/util:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/rtw:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/ticcs/envChecker:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/eda/hdlparser:', ... + matlabroot,'/toolbox/simrf/simrf:', ... + matlabroot,'/toolbox/simrf/simrfmasks:', ... + matlabroot,'/toolbox/simrf/simrfdemos:', ... + matlabroot,'/help/toolbox/simrf/examples:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/controllib/graphics:', ... + matlabroot,'/toolbox/map/map:', ... + matlabroot,'/toolbox/map/mapdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/map/mapdisp:', ... + matlabroot,'/toolbox/map/mapformats:', ... + matlabroot,'/toolbox/map/mapproj:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/wrworkbench:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/wrworkbench/mdlinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/wrworkbench/registry:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/wrworkbench/wrworkbenchblks:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/simcoverage:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/rtwdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/rtw/rtwdemos/rsimdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/rtw:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/hookpoints:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/tgtpref2:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/profiler:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/mdlinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/blks/tlc_c:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/pjtgenerator/blks/utils:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/util:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/lfsocket/lfsocket:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/foundation/xmakefile:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/idelinkdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/dastudio:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape/library/m:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/foundation/foundation:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/do178b:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/slcontrollib:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/blackfin:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/blackfin/blks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/blackfin/blks/mex:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/blackfin/blks/masks:', ... + matlabroot,'/toolbox/target/extensions/processor/blackfin/blackfindemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/coder/codegendemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/sigbldr:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/powersys/DR/DRdemo:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/powersys/drives/drivesdemo:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/powersys/facts/factsdemo:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/powersys/powerdemo:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/distcomp:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/user:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/mpi:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/pctdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/parallel:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/parallel/util:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/lang:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/cluster:', ... + matlabroot,'/toolbox/distcomp/gpu:', ... + matlabroot,'/toolbox/shared/rptgen:', ... + matlabroot,'/toolbox/econ/econ:', ... + matlabroot,'/toolbox/econ/econdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/hdlcoder/hdlcoder:', ... + matlabroot,'/toolbox/hdlcoder/hdlcoder/hdlwa:', ... + matlabroot,'/toolbox/hdlcoder/hdlcoderdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/finance/finance:', ... + matlabroot,'/toolbox/finance/calendar:', ... + matlabroot,'/toolbox/finance/findemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/finance/finsupport:', ... + matlabroot,'/toolbox/finance/ftseries:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/simcovdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/slvnv/slvnvdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/vision/vision:', ... + matlabroot,'/toolbox/vision/visionutilities:', ... + matlabroot,'/toolbox/vision/visionutilities/visioninit:', ... + matlabroot,'/toolbox/vision/visionutilities/visionmex:', ... + matlabroot,'/toolbox/vision/visiondemos:', ... + matlabroot,'/help/toolbox/vision/examples:', ... + matlabroot,'/toolbox/coder/coder:', ... + matlabroot,'/toolbox/physmod/simscape_language/simscape_language:', ... + matlabroot,'/toolbox/bioinfo/bioinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/bioinfo/biolearning:', ... + matlabroot,'/toolbox/bioinfo/microarray:', ... + matlabroot,'/toolbox/bioinfo/mass_spec:', ... + matlabroot,'/toolbox/bioinfo/proteins:', ... + matlabroot,'/toolbox/bioinfo/biomatrices:', ... + matlabroot,'/toolbox/bioinfo/biodemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/bioinfo/graphtheory:', ... + matlabroot,'/toolbox/mpc/mpc:', ... + matlabroot,'/toolbox/mpc/mpcdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/mpc/mpcguis:', ... + matlabroot,'/toolbox/mpc/mpcobsolete:', ... + matlabroot,'/toolbox/mpc/mpcutils:', ... + matlabroot,'/toolbox/systemtest/systemtest:', ... + matlabroot,'/toolbox/systemtest/systemtest/removed:', ... + matlabroot,'/toolbox/systemtest/systemtestdemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/eclipseide:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/eclipseide/eclipseidedemos:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/eclipseide/mdlinfo:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/eclipseide/registry:', ... + matlabroot,'/toolbox/idelink/extensions/eclipseide/tfl:', ... + matlabroot,'/toolbox/qualkits/common:', ... +%%% END ENTRIES %%% + ... +]; + +p = [userpath,p]; diff --git a/utils/recon2/Recon2.v02.mat b/utils/recon2/Recon2.v02.mat new file mode 100644 index 0000000..8f481a9 Binary files /dev/null and b/utils/recon2/Recon2.v02.mat differ diff --git a/utils/recon2/initializeRecon2.m b/utils/recon2/initializeRecon2.m index 0400a6c..d65ee43 100644 --- a/utils/recon2/initializeRecon2.m +++ b/utils/recon2/initializeRecon2.m @@ -14,7 +14,7 @@ %Assign description if it doesn't exist if ~isfield(rec2,'description') - rec2.description = 'human_recon_2' + rec2.description = 'human_recon_2'; end % Unconstrain reactions (namely boundary reactions) % This may be