feat: ブランチごとのナレッジ化フラグ

## 概要

git ブランチ（worktree）単位でナレッジ化フラグを ON/OFF できる機能。

## 仕様

- CommandMate の Web UI からブランチごとにナレッジ化フラグを設定できる
- フラグの状態は CommandMate のローカル DB に保存
- フラグ ON のブランチは、Markdown ファイルが自動ナレッジ化の対象になる

## 関連

Epic: #335